L'entorn lleugerament àcid de la vagina ajuda a mantenir la seva funció d'auto{0}}neteja
La medicina occidental creu que l'entorn vaginal és freqüentment inestable a causa dels productes metabòlics de l'hoste, productes bacterians i factors exògens (coit sexual, dutxa vaginal i altres alteracions). La flora vaginal és molt complexa, que inclou no només protozous i fongs, sinó també molts bacteris aeròbics i anaeròbics. Aquests microorganismes es poden dividir en tipus comensals i patològics, tots creixent en un entorn comú, i poden haver-hi interaccions antagòniques entre ells. Un altre factor que afecta el seu creixement és la concentració d'ions hidrogen. Un pH de 3,8-4,2 és propici per a la reproducció de bacteris comensals, especialment lactobacils, que són els bacteris dominants en una vagina sana, assolint una densitat de 10⁵-10⁸ ml en el líquid vaginal. Quan la vagina està infectada per microorganismes, si els lactobacils són dominants i el pH es manté entre 3,8 i 4,2, no causarà malaltia. A més, els lactobacils poden produir H₂O₂, que té un efecte tòxic sobre altres microorganismes i inhibeix la seva reproducció. Altres bacteris com Streptococcus lactis, Enterobacter, Proteus, Gaffkirti i Veillonella es troben habitualment a la part inferior de la vagina i normalment no produeixen símptomes. La flora vaginal manté un equilibri, evitant que els bacteris patològics exerceixin la seva influència. Si aquest equilibri es trenca, la contenció mútua desapareix, provocant una disminució de la concentració d'ions hidrogen. Els lactobacils perden el seu domini, permetent que els bacteris patològics proliferin i provoquen símptomes.
Diversos bacteris patògens esdevenen patògens després de ser interromputs en un entorn dèbilment àcid. La vaginosi bacteriana és causada per una disminució dels lactobacils vaginals i la proliferació d'altres bacteris, principalment Gardnerella vaginalis, diversos bacteris anaeròbics i micoplasmes, donant lloc a infeccions mixtes. La tricomoniasi és causada per Trichomonas vaginalis, una malaltia infecciosa de transmissió sexual. Les vies de transmissió inclouen la transmissió directa (a través de les relacions sexuals; el 75% del semen de les parelles amb tricomoniasi pot contenir Trichomonas vaginalis) i la transmissió indirecta (a través de diversos estris de bany, piscines, lavabos públics o roba i instruments contaminats). En les enquestes generals, la taxa de detecció de Trichomonas vaginalis és del 3,56%, amb algunes dones que no presenten símptomes inflamatoris anomenades portadores. La vaginitis candida és causada principalment per Candida albicans. Aquest fong també es troba habitualment en petites quantitats en una vagina normal i sana, però normalment no causa cap malaltia. Prolifera i provoca malalties quan la funció immune de l'organisme està debilitat o quan hi ha un desequilibri en la flora vaginal. Per tant, és més comú en dones embarassades, dones amb diabetis, aquelles que utilitzen immunosupressors i aquelles que fan servir antibiòtics a llarg-. També és més probable que provoqui infecció en ambients càlids i humits. Les estadístiques mostren que al voltant del 10% de les dones no-embarassades i un-terç de les dones embarassades estan infectades amb aquesta malaltia, però pocs busquen atenció mèdica a causa de símptomes evidents. La incidència de vaginitis causada per Candida albicans no {-(com ara *Candida glabrata*) va augmentar del 9,9% el 1988 al 17,2% el 1995. Les dones infectades amb el VIH tenen el doble de probabilitats d'estar infectades amb Candida albicans no-en comparació amb les noves infectades; les dones amb vaginitis candida recurrent tenen 2,47 vegades més probabilitats d'infectar-se amb Candida albicans no-que amb Candida albicans.